Chaque été, à mesure que les rivières s’échauffent sous l’effet combiné des hautes températures de l’air, de la baisse des débits et de l’intensité solaire, un phénomène discret mais préoccupant s’installe sur les fonds caillouteux ou sableux de nombreux cours d’eau français : la prolifération d’algues. Ces algues, souvent verdâtres ou brunâtres, se fixent aux pierres, se développent en longs filaments, tapissent les berges et peuvent parfois dégager une odeur nauséabonde. Le phénomène, encore sous-estimé du grand public, modifie profondément la qualité écologique des rivières en période estivale. Mais de quoi s’agit-il précisément ? Quelles espèces colonisent les eaux réchauffées ? Et pourquoi leur développement pose-t-il autant question ?
Il ne s’agit pas d’un seul type d’algue, mais d’un ensemble d’organismes regroupés sous le terme de « macrophytes aquatiques » ou de « biofilms benthiques ». En période de faible débit, trois grands groupes dominent : les algues vertes filamenteuses (comme Cladophora glomerata), les cyanobactéries benthiques (notamment Phormidium) et les diatomées (comme Didymosphenia geminata), parfois appelées à tort « mousses brunes ». Leur point commun : une capacité à s’accrocher sur les substrats immergés et à profiter de la moindre stagnation d’eau pour se développer rapidement, en profitant de la chaleur, du rayonnement solaire direct et des nutriments apportés par les eaux usées ou les ruissellements agricoles.
Le processus débute souvent à la fin du printemps, lorsque la température de l’eau dépasse les 18 à 20 °C et que le débit chute sous un certain seuil. Les premiers tapis se forment dans les zones peu profondes, lentes, riches en lumière et en phosphates. Les diatomées colonisent les surfaces en premier, créant une couche visqueuse brunâtre. Ensuite viennent les filaments verts, parfois très denses, qui peuvent mesurer plusieurs dizaines de centimètres de longueur en quelques jours. En période de canicule, ce développement est exponentiel. Dans des rivières comme l’Ardèche, le Lot, la Loue ou la Dordogne, des épisodes de surproduction ont déjà été enregistrés avec des recouvrements de 70 à 90 % du lit de la rivière sur plusieurs kilomètres.
Ce foisonnement pose plusieurs problèmes majeurs. Le premier est biologique : en bloquant la lumière, ces algues étouffent la végétation aquatique naturelle. Leur prolifération entraîne aussi une chute brutale de l’oxygène dissous dans l’eau, notamment la nuit, lorsque la photosynthèse cesse. Ce manque d’oxygène impacte directement les invertébrés aquatiques, les insectes larvaires, les écrevisses et surtout les poissons sensibles comme les truites ou les ombres. Dans certains cas, des mortalités piscicoles ont été observées au petit matin, à cause de taux d’oxygène tombés sous les 3 mg/L, seuil critique de survie.
Le deuxième impact est sanitaire. Certaines cyanobactéries, notamment Phormidium, produisent des toxines hépatiques ou neurologiques. En se détachant en plaques et en se déposant sur les berges, elles peuvent contaminer les animaux qui viennent s’abreuver ou se baigner. Plusieurs cas de chiens morts après avoir léché leur pelage ou bu dans des rivières touchées ont été documentés. Des interdictions de baignade temporaires ont déjà été imposées sur des rivières touristiques en plein été, avec un fort impact économique local.
Troisième conséquence : l’effet visuel et olfactif. Ces algues forment parfois une véritable “gelée” organique, glissante, brune ou verte, très peu esthétique. Elles piègent les sédiments fins, les excréments d’oiseaux et peuvent dégager une odeur de vase, voire de soufre lorsqu’elles se décomposent. Pour les baigneurs, les pêcheurs ou les amateurs de canoë, cela modifie profondément l’agrément du site.
Pourquoi ces proliférations s’accentuent-elles ces dernières années ? Plusieurs études ont établi une corrélation nette entre le changement climatique, la fréquence accrue des étés chauds, et la généralisation de ces phénomènes. Le réchauffement des eaux de surface est souvent rapide : on observe des hausses de température de l’ordre de 0,5 à 1 °C par décennie sur les stations hydrométriques suivies depuis les années 1980. En parallèle, les étiages sévères se prolongent et réduisent la capacité des cours d’eau à s’auto-épurer. Le moindre rejet d’eaux traitées, le lessivage des sols agricoles ou les fuites d’assainissement deviennent alors des apports massifs d’azote et de phosphore dans un milieu stagnant.
Certaines rivières sont devenues emblématiques du phénomène, comme la Loue dans le Doubs, la Dordogne dans sa partie amont ou la Vézère. À titre d’exemple, lors de l’été 2022, la température de la Loue à Ornans est restée pendant plus de 20 jours consécutifs au-dessus de 21 °C, avec un débit moyen inférieur à 5 m³/s, ce qui a favorisé un bloom de diatomées brunes sur plus de 7 km de linéaire. Les analyses d’eau ont révélé une chute importante du taux d’oxygène à l’aube et une élévation du pH jusqu’à 9,2 l’après-midi, créant un déséquilibre chimique défavorable aux espèces sensibles.
Des solutions existent, mais elles restent encore peu mises en œuvre à large échelle. L’ombrage des cours d’eau par la plantation de haies ou de ripisylves (végétation de berge) permet de limiter le rayonnement direct. La gestion plus fine des rejets domestiques et agricoles, même en période sèche, permettrait de réduire l’apport de nutriments. Certains départements testent aussi le lâcher d’eau depuis des barrages situés en amont pour rafraîchir les rivières et diluer les concentrations. Mais ces lâchers doivent être ciblés, car l’eau relâchée se réchauffe vite si elle n’est pas bien synchronisée avec des conditions atmosphériques favorables.
À plus long terme, la question de la résilience des rivières face aux étés chauds va nécessiter une révision profonde de l’aménagement du territoire : moins d’imperméabilisation, plus de zones tampons naturelles, une restauration des méandres et des zones d’expansion naturelle des crues. Car ces algues, bien qu’appartenant au vivant, deviennent dans ces conditions artificielles les symptômes d’un déséquilibre systémique. Elles sont la trace visible d’une rivière en souffrance, incapable de respirer correctement, trop chaude, trop lente, trop enrichie, et souvent livrée à elle-même dans l’attente d’un orage salvateur ou d’un automne réoxygénant.
